ماده 48ـ احکام دادگاههای ویژه روحانیت از سوی محکوم علیه یا شاکی یا قائم مقام قانونی آنان قابل اعتراض است و در صورت عدم اعتراض در فرجه قانونی قطعی خواهد شد. (الحاقی 05/09/1384)

تبصره 1ـ چنانچه دادستان کل ویژه روحانیت احکام قطعی یا غیر قطعی دادگاه ویژه روحانیت را خلاف شرع یا خلاف قانون بداند نسبت به رای صادره اعتراض نموده و عنداللزوم حکم را متـوقف می کند و پرونده را جهت رسیـدگی به دادگاه تجـدیـد نظر ارسال می نماید.
تبصره 2ـ چنانچه دادستان مجری حکم رای صادره را خلاف موازین تشخیص دهد بدوا اعتراض خود را به قاضی صادرکننده تذکر می دهد. در صورت عدم قبول قاضی پرونده را همراه با نظریه مستدل نزد دادستان منصوب ارسال می نماید و دادستان منصوب برابر تبصره یک اقدام خواهد کرد.
تبصره 3ـ چنانچه متعاقب اعتراض محکوم علیه یا شاکی یا تذکر دادستان کل ویژه روحانیت یا دادستان مجری حکم قاضی دادگاه ویژه روحانیت متوجه اشتباه خود در حکم صادره شود در صورتی که موضوع از مصادیق بند ب ماده 49 باشد رای اصلاحی صادر می نماید و در غیر اینصورت پس از نقض حکم پرونده را جهت رسیدگی توسط شعبه دیگر به دفتر دادگاههای ویژه روحانیت اعاده می نماید.