ماده 18 ـ وظایف سازمان به شرح زیر می باشد:

الف ـ نگهداری متهمان تحت قرار و محکومان به حبس بنا بر دستور کتبی مقام های قضایی و به موجب مقررات و قوانین مربوط؛
ب ـ اداره ی کلیه امور زندان ها مراکز حرفه آموزی و اشتغال بازداشتگاهها و مراکز اقدامات تامینی و تربیتی کشور و موسسه های صنعتی کشاورزی و خدماتی و سایر مراکز وابسته؛
ج ـ ایجاد مراکز حرفه آموزی و اشتغال زندان ها بازداشتگاهها و موسسه های صنعتی کشاورزی و خدماتی و سایر موسسه های لازم برای نگهداری بازپروری حرفه آموزی و اشتغال به کار متهمان و محکومان؛
د ـ انجام تحقیقات و پژوهشهای نوین کیفر شناسانه به منظور بهبود شیوه ها و خدمات زندانبانی؛
ه ـ تعیین خط مشی اداره و نظارت بر اجرای کلیه امور مربوط به زندان ها و موسسه ها و مراکز وابسته به آن؛
و ـ تهیه پیش نویس قوانین و مقررات مورد نیاز و پیشنهاد آن به مراجع صلاحیت دار؛
ز ـ ایجاد امکانات و تسهیلات لازم و مناسب به منظور تصدی امور بازپروری نظیر اصلاح ارشاد آموزش و بازسازگاری محکومان؛
ح ـ انجام خدمات مشاوره ای و نیز کمک و مساعدت به منظور حل مشکلات محکومان و خانواده آنان؛
ط ـ جذب هرگونه کمک از قبیل کمکهای مردمی موسسه های خیریه برنامه ریزی در جهت به کارگیری صحیح اینگونه کمکها با هدف بهبود امور زندان ها و مساعدت به محکومان و یا خانواده آنان؛
ی ـ سیاست گذاری و برنامه ریزی کلیه امور مربوط به اشتغال و حرفه آموزی محکومان و خودکفایی مراکز حرفه آموزی و اشتغال زندان ها و موسسه های وابسته؛
ک ـ تهیه آمار و اطلاعات مورد نیاز از محکومان و متهمان تحت نظارت به روش های علمی به منظور استفاده در امور اجرایی سیاست گذاری ها و مطالعات کیفرشناسانه و انتشار آنها بصورت سالنامه ی آماری کیفری؛
ل ـ تهیه و پیشنهاد اسامی محکومان واجد شرایط آزادی مشروط و ارایه آن به قاضیان ناظر زندان؛
م ـ تهیه و پیشنهاد اسامی محکومان واجد شرایط عفو و ارایه آن به هیات عفو.
ن ـ برنامه ریزی برای مراقبت بعد از خروج محکومان با همکاری دستگاه های مربوط؛
ص ـ آموزش کارکنان همسو با موازین کیفرشناسی نوین و سیاست های توسعه قضایی قوه قضاییه.