ماده 28 - هرگاه بین دادگاههای عمومی نظامی و انقلاب در مورد صلاحیت اختلاف محقق شود همچنین در مواردی که دادگاهها اعم از عمومی نظامی و انقلاب به صلاحیت مراجع غیر قضایی از خود نفی صلاحیت کنند و یا خود را صالح بدانند پرونده برای حل اختلاف به دیوان عالی کشور ارسال خواهد شد. رای دیوان عالی کشور در خصوص تشخیص صلاحیت لازم الاتباع می باشد.

ماده 44ـ رسیدگی به جرائم قاچاق کالا و ارز سازمان یافته و حرفه‏ای قاچاق کالاهای ممنوع و قاچاق کالا و ارز مستلزم حبس و یا انفصال از خدمات دولتی در صلاحیت دادسرا و دادگاه انقلاب است. سایر پرونده‏های قاچاق کالا و ارز تخلف محسوب و رسیدگی به آن در صلاحیت سازمان تعزیرات حکومتی است. چنانچه پرونده ای متهمان متعدد داشته و رسیدگی به اتهام یکی از آنان در صلاحیت مرجع قضائی باشد به اتهامات سایر اشخاص نیز در این مراجع رسیدگی می­شود. تبصره ـ در صورتی که پس از ارجاع پرونده به سازمان تعزیرات حکومتی و انجام تحقیقات محرز شود رسیدگی به جرم ارتکابی در صلاحیت مرجع قضائی است شعبه مرجوع الیه مکلف است بلافاصله قرار عدم صلاحیت خود را صادر کند. این قرار پس از تایید مقام مافوق شعبه در سازمان تعزیرات حکومتی و یا در صورت عدم اعلام نظر آن مقام ظرف مدت یک هفته قطعی است و پرونده مستقیما به مرجع قضائی ذی صلاح ارسال می شود. همچنین در مواردی که پرونده به تشخیص مرجع قضائی در صلاحیت تعزیرات حکومتی است پرونده مستقیما به مرجع مذکور ارسال می گردد و شعب سازمان تعزیرات حکومتی مکلف به رسیدگی می باشند. مقررات این تبصره از شمول ماده (28) قانون آیین دادرسی دادگاههای عمومی و انقلاب (در امور مدنی) مصوب 21/1/1379 مستثنی است. (اصلاحی 21/07/1394)