ماده 3 ـ وظایف و اختیارات گمرک ایران به شرح ذیل است:

الف ـ اعمال سیاستهای دولت در زمینه صادرات و واردات و عبور کالا
ب ـ تشخیص و وصول حقوق ورودی و سایر وجوه قابل وصول قانونی توسط گمرک ایران
پ ـ انجام تشریفات قانونی ترخیص و تحویل کالا به صاحب یا نماینده قانونی وی و بررسی اسناد ترخیص به منظور احراز صحت شرایط ترخیص و وصول کسر دریافتی یا استرداد اضافه دریافتی
ت ـ کنترل و نظارت بر امر عبور کالا از قلمرو کشور
ث ـ اجرای قوانین و مقررات مرتبط با بازارچه های مرزی مرزنشینان و پیله وران
ج ـ اعمال مقررات گمرکی درباره معافیتها و ممنوعیتها در بخشهای صادرات قطعی صادرات موقت واردات قطعی واردات موقت کران بری (کابوتاژ) عبور داخلی کالا انتقالی معاملات پایاپای مرزی فروشگاههای آزاد بسته ها و پیکهای سیاسی و پست بین الملل
چ ـ اجرای قوانین و مقررات مربوط به تخلفات و قاچاق گمرکی کالاهای متروکه و ضبطی
ح ـ پیش بینی و فراهم نمودن زیرساختهای مورد نیاز برای اجراء و استقرار سامانه ها رویه ها و روشهای نوین همچون پنجره واحد در فعالیتهای گمرکی
خ ـ جمع آوری تجزیه و تحلیل و انتشار آمار میزان واردات و صادرات کالا
د ـ بررسی و شناخت موانع نظام گمرکی و برنامه ریزی درجهت رفع آنها
ذ ـ اظهارنظر درباره پیش نویس طرحها لوایح تصویبنامه های مرتبط با امورگمرکی
ر ـ اتخاذ روشهای مناسب جهت هدایت و راهبری دعاوی حقوقی و قضائی در رابطه با امور گمرکی
ز ـ آموزش کارکنان و نظارت و انجام بازرسی اعمال و رفتار کارکنان گمرک کشف تخلف و تقصیرات اداری آنان
ژ ـ بازرسی از واحدهای اجرائی گمرکی و نظارت برعملکرد آنها و ساماندهی کمی و کیفی مبادی ورودی و خروجی
س ـ رسیدگی و حل اختلافات ناشی از اجرای قانون و مقررات گمرکی فی مابین گمرک و صاحب کالا برابر قوانین و مقررات مربوطه
ش ـ گسترش ارتباطات بین المللی انعقاد تفاهمنامه و موافقتنامه های گمرکی دو یا چندجانبه عضویت و تعامل فعال با سازمانهای بین المللی و گمرکی با رعایت اصل هفتاد و هفتم (77) قانون اساسی و قوانین مربوطه
ص ـ رعایت توصیه های سازمان جهانی گمرک قراردادهای بازرگانی و توافقنامه های منعقده یا پایاپای در چهارچوب قوانین و مقررات مربوطه
ض ـ رعایت مفاد قانون اجرای سیاستهای کلی اصل چهل و چهارم (44) قانون اساسی به منظور واگذاری امور غیرحاکمیتی گمرکی به بخشهای خصوصی و تعاونی
ط ـ استفاده از فناوریهای نوین و تجهیز اماکن گمرکی به ابزارهای پیشرفته جهت افزایش کارایی و بهبود انجام تشریفات گمرکی
ظ ـ تمهیدات لازم برای تسهیل امور تجاری تشویق صادرات و گسترش عبور کالا
ع ـ تسهیل فرآیندهای گمرکی با هدف توسعه گردشگری
غ ـ انجام سایر وظایف گمرکی به موجب این قانون و یا سایر قوانین و مقررات