ماده 28 - هرگاه بین دادگاههای عمومی نظامی و انقلاب در مورد صلاحیت اختلاف محقق شود همچنین در مواردی که دادگاهها اعم از عمومی نظامی و انقلاب به صلاحیت مراجع غیر قضایی از خود نفی صلاحیت کنند و یا خود را صالح بدانند پرونده برای حل اختلاف به دیوان عالی کشور ارسال خواهد شد. رای دیوان عالی کشور در خصوص تشخیص صلاحیت لازم الاتباع می باشد.

ماده 44ـ رسیدگی به جرائم قاچاق کالا و ارز سازمان یافته و حرفه‏ای قاچاق کالاهای ممنوع و قاچاق کالا و ارز مستلزم حبس و یا انفصال از خدمات دولتی در صلاحیت دادسرا و دادگاه انقلاب است. سایر پرونده‏های قاچاق کالا و ارز تخلف محسوب و رسیدگی به آن در صلاحیت سازمان تعزیرات حکومتی است. چنانچه پرونده ای متهمان متعدد داشته و رسیدگی به اتهام یکی از آنان در صلاحیت مرجع قضائی باشد به اتهامات سایر اشخاص نیز در این مراجع رسیدگی می­شود. تبصره ـ در صورتی که پس از ارجاع پرونده به سازمان تعزیرات حکومتی و انجام تحقیقات محرز شود رسیدگی به جرم ارتکابی در صلاحیت مرجع قضائی است شعبه مرجوع الیه مکلف است بلافاصله قرار عدم صلاحیت خود را صادر کند. این قرار پس از تایید مقام مافوق شعبه در سازمان تعزیرات حکومتی و یا در صورت عدم اعلام نظر آن مقام ظرف مدت یک هفته قطعی است و پرونده مستقیما به مرجع قضائی ذی صلاح ارسال می شود. همچنین در مواردی که پرونده به تشخیص مرجع قضائی در صلاحیت تعزیرات حکومتی است پرونده مستقیما به مرجع مذکور ارسال می گردد و شعب سازمان تعزیرات حکومتی مکلف به رسیدگی می باشند. مقررات این تبصره از شمول ماده (28) قانون آیین دادرسی دادگاههای عمومی و انقلاب (در امور مدنی) مصوب 21/1/1379 مستثنی است. (اصلاحی 21/07/1394)

ماده 77ـ از تاریخ لازم الاجراء شدن این قانون قانون مجازات مرتکبین قاچاق مصوب 29/12/ 1312 با اصلاحات بعدی قانون نحوه اعمال تعزیرات حکومتی راجع به قاچاق کالا و ارز مصوب12/2/1374 مجمع تشخیص مصلحت نظام قانون راجع به جلوگیری از عمل قاچاق توسط وسایط نقلیه موتوری دریایی مصوب 9/8/1336 مواد (35) و (36) قانون تاسیس سازمان جمع آوری و فروش اموال تملیکی مصوب 24/10/1370 ماده (62) قانون نظام صنفی مصوب 24/12/1382 تبصره ماده (3) ماده (8) و بند (ب) ماده (9) قانون ممنوعیت به کارگیری تجهیزات دریافت از ماهواره مصوب 23/11/1373 بند (د) ماده (22) قانون حفاظت از منابع آبزی جمهوری اسلامی ایران مصوب 14/6/1374 تبصره (1) ماده (3) قانون الحاق یک تبصره به ماده (1) و اصلاح ماده (3) قانون مربوط به مقررات امور پزشکی و دارویی و خوردنی و آشامیدنی مصوب 10/12/1379 بندهای (1) (2) و (4) ماده (12) قانون الحاق موادی به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت مصوب 5/8/1384 مواد (3) (4) (5) (6) و (7) قانون اختیارات مالی و استخدامی سازمان بنادر و کشتیرانی و تشکیل گارد بنادر و گمرکات مصوب 19/4/1348و لایحه قانونی انحلال گارد بنادر و گمرکات مصوب 14/9/1358 شورای انقلاب نسخ می‏شود. تبصره ـ کلیه مبالغ حاصل از اجرای این قانون از قبیل وجوه ناشی از فروش کالا و ارز قاچاق وسایل ضبطی و جریمه های وصولی به حساب ویژه ای نزد خزانه داری کل کشور واریز می گردد. از وجوه واریزی سالانه تا مبلغ دویست میلیارد (200.000.000.000) ریال برای مبارزه با قاچاق کالا و ارز متناسب با تاثیر دستگاههای متکفل امر مبارزه با قاچاق و برنامه های ارائه شده مطابق آئین نامه ای که به پیشنهاد ستاد و وزارت دادگستری تهیه می شود و به تصویب هیات وزیران می رسد میان کاشفان دستگاههای ذی ربط و مراجع رسیدگی کننده هزینه می گردد. این مبلغ در مهرماه هرسال متناسب با نرخ تورم کشور نسبت به سال قبل تعدیل می شود. درمواردی که متهمان اصلی شناسایی و به مرجع رسیدگی کننده معرفی گردند ضریب پرداخت وجوه مربوط به حق الکشف در هر پرونده دوبرابر سایر موارد است. میزان کارمزد فروش و نحوه محاسبه هزینه محل نگهداری و تامین سایر هزینه های مترتبه بر کالای موضوع این قانون در آئین نامه مذکور تعیین و پرداخت می شود. مصرف و اختصاص وجوه موضوع این ماده در غیر از موارد مبارزه با قاچاق کالا و ارز تصرف غیرقانونی در اموال دولتی محسوب و مرتکب به مجازات مقرر در قانون مجازات اسلامی محکوم می شود. ستاد موظف است عملکرد این تبصره را هر شش ماه یکبار به کمیسیون های اقتصادی و قضائی و حقوقی مجلس شورای اسلامی گزارش نماید.