هر چند صدور حکم بر قلع و قمع بنای غیر مجاز در بزه تغییر غیر مجاز کاربری اراضی و باغ ها در صورت احراز وقوع بزه تکلیف قانونی دادگاه کیفری رسیدگی کننده به بزه موصوف است و تقدیم دادخواست منتفی است؛ با این حال طبق ماده 3 (اصلاحی 1/8/1385) قانون حفظ کاربری اراضی زراعی و باغ ها مرتکب بزه تغییر کاربری اراضی زراعی و باغ ها بدون اخذ مجوز از کمیسیون موضوع تبصره یک ماده یک قانون مذکور علاوه بر «قلع و قمع بنا» به پرداخت جزای نقدی به شرح مقرر در ماده 3 این قانون محکوم می شود؛ لذا صدور حکم به قلع و قمع بنا صرفا در صورت احراز تحقق بزه و ضمن صدور حکم محکومیت مرتکب توسط مرجع قضایی امکان پذیر است؛ بنابراین در مواردی که به لحاظ شمول مرور زمان بزه تغییر کاربری غیر مجاز اساسا قابل تعقیب نیست صدور حکم به «قلع و قمع بنا» نیز منتفی است.