گاهی بین دادسرا و دادگاههای عمومی در ارتباط با صلاحیت اختلاف حاصل می­شود مثلا دادسرا اعتقاد به صلاحیت دادگاه عمومی دارد حال آن که دادگاه عمومی معتقد به صلاحیت دادسرا است در اینگونه موارد چه مرجعی باید اختلاف را حل نماید؟

هر چند به موجب ماده 58  قانون آیین دادرسی دادگاههای عمومی و انقلاب در امور کیفری مصوب 28/6/1378 چگونگی ترتیب حل اختلاف در صلاحیت در امور کیفری طبق قواعد مذکور در قانون آیین دادرسی دادگاههای عمومی و انقلاب در امور مدنی به عمل خواهد آمد ولی مقررات قانون آیین دادرسی اخیرالذکر در مورد تعیین مرجع حل اختلاف بین دادسرا و دادگاه عمومی و همچنین دادگاه عمومی مستقر در بخش ساکت است و علت این امر عدم وجود دادسرا در سیستم قضائی ایران (در زمان تصویب قانون) بوده است. اما  با اصلاح قانون تشکیل دادگاههای عمومی و انقلاب و تشکیل دادسرا قسمتی از صلاحیت و اختیارات دادگاهها به دادسرا محول شده است. بنابراین می­توان از ملاک ماده 27 قانون آیین دادرسی دادگاههای عمومی و انقلاب در امور مدنی مصوب 1379 استفاده و استدلال کرد مثلا همان طوری که طبق این ماده و در زمان عدم وجود دادسرا چنانچه اختلافی بین دو دادگاه کیفری واقع در حوزه یک استان حادث می شد رفع اختلاف بین آنها در مرجع بالاتر یعنی دادگاه تجدیدنظر استان به عمل می­آمد در حال حاضر نیز می­توان معتقد بود که مرجع حل اختلاف بین دادسرا و دادگاه عمومی و یا دادگاه عمومی مستقر در بخش واقع در یک حوزه قضائی دادگاه تجدیدنظر استان است.