در خصوص عدم معافیت بنیاد مستضعفان انقلاب اسلامی از پرداخت هزینه دادرسی اعلام می دارد: منشاء اختلاف: مطابق ماده 690 قانون آیین دادرسی مدنی مصوب 1318: «دولت و هم چنین دادستان از تادیه هزینه دادرسی معاف هستند» قانون آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب در امور مدنی مصوب 1379 در خصوص معافیت دولت از پرداخت هزینه دادرسی سکوت کرده و در ماده 529 این قانون با اعلام این که «از تاریخ لازم الاجرا شدن این قانون قانون آیین دادرسی مدنی مصوب سال 1318. .. و سایر قوانین و مقررات در موارد مغایر تلقی می گردد» قوانین مغایر را نسخ کرده است. حکم کلی مذکور در بند یک ماده 54 و ماده 383 همین قانون مبنی بر این که «دادخواستی که برابر مقررات یاد شده در دو ماده قبل تقدیم نشده و یا هزینه دادرسی آن پرداخت نگردیده باشد به جریان نمی افتد» و سکوت قانون مصوب 1379 در خصوص معافیت دستگاه های اجرایی از پرداخت هزینه دادرسی اختلاف در بقای قوانین سابق موجد معافیت برخی دستگاه های اجرایی از پرداخت هزینه دادرسی را موجب شده است که از جمله این قوانین «لایحه قانونی راجع به معافیت بنیاد مستضعفان از پرداخت هزینه دادرسی در تمام مراجع قضایی مصوب 1358 شورای انقلاب جمهوری اسلامی ایران» است که مقرر داشته است: «بنیاد مستضعفان می تواند نمایندگان خود را برای اقامه دعوی یا دفاع از دعوی به عنوان وکالت از طرف خود به مراجع قضایی معرفی نماید. بنیاد مستضعفان از پرداخت هزینه دادرسی در تمام مراجع قضایی معاف است»؛ رای وحدت رویه شماره 543 مورخ 1369/10/17 هیات عمومی دیوان عالی کشور شرکت های تحت پوشش بنیاد مستضعفان را که دارای شخصیت حقوقی مستقل از شخصیت بنیاد هستند از شمول این مصوبه خارج دانسته است. عده ای با تمسک به قاعده «عام لاحق خاص سابق را نسخ نمی کند» قانون آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب در امور مدنی مصوب 1379 را ناسخ ماده واحده سال 1358 نمی دانند و عده ای با استدلالی دیگر نظری مغایر دارند. نظر به این که قضات شاغل در شعب حقوقی این دادگستری کل با توجه به ماده 529 قانون آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب در امور مدنی مصوب 1379 بنیاد مستضعفان انقلاب اسلامی را از ‍پرداخت هزینه دادرسی معاف نمی دانند؛ این در حالی است که اداره کل حقوقی قوه قضاییه به موجب نظریه شماره 7/99/662 مورخ 1399/5/22 بنیاد مذکور را از ‍پرداخت هزینه دادرسی معاف دانسته است؛ خواهشمند است نظر آن معاونت محترم را در خصوص معافیت یا عدم معافیت بنیاد مستضعفان از ‍پرداخت هزینه دادرسی به این حوزه اعلام فرمایید.

اشخاص متعدد از جمله دولت هر کدام در گذشته به اعتبار یک مقرره قانونی از پرداخت هزینه دادرسی معاف شده اند؛ از جمله آن که دولت به اعتبار ماده 690 قانون آیین دادرسی مدنی مصوب 1318 و بنیاد مستضعفان و جانبازان به اعتبار «لایحه قانونی راجع به معافیت بنیاد مستضعفان از پرداخت هزینه دادرسی در تمام مراجع قضایی مصوب 1358» از پرداخت هزینه مذکور معاف شده اند؛ نسخ ماده 690 قانون آیین دادرسی مدنی مصوب 1318 به موجب ماده 529 قانون آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب در امور مدنی مصوب 1379 در وضعیت بنیاد مذکور به عنوان نهاد عمومی غیر دولتی تاثیری ندارد و اصل عدم نسخ نیز بر فرض سوال جاری است؛ بنابراین نمی توان با اجتهاد در مقابل نص از حکم صریح لایحه قانونی یادشده چشم پوشی کرد.