در برخی پرونده های دادگاه انقلاب که با فرجام خواهی به دیوان عالی کشور ارسال شده است دیوان عالی مواردی را به عنوان نقص تحقیقات اعلام نموده که به نوعی نقص محسوب نشده و ایراد در تشخیص ماهوی دادگاه تلقی می شود. به عنوان مثال به دلیل عدم اعمال تخفیف در مجازات محکوم علیه دیوان دادنامه را نقض و با تلقی موضوع به نقص پرونده را به دادگاه بدوی اعاده کرده است تا همان دادگاه مجدد اتخاذ تصمیم کند یا در مورد مشابه با ورود در ماهیت امر دادگاه صادرکننده رای بدوی را به صدور رای ماهوی برائت به جای محکومیت دلالت داده است؛ حال آن که این موضوع به هیچ عنوان نقص تلقی نشده و اگر هم باشد باید پرونده به شعبه هم عرض ارجاع شود؛ زیرا نقص مفهوما امری مقدماتی بوده که مقدمه ای برای تشخیص دادگاه و اتخاذ تصمیم ماهوی محسوب می شود؛ در حالی که ایرادهای دیوان عالی کشور فاقد این وصف بوده و دادگاه مجالی برای تغییر تصمیم خود ندارد. به بیانی دیگر بر اساس اصول و مقررات پس از اجرای نقص دادگاه باید بتواند نسبت به صدور حکم محکومیت یا برائت به انحاء آن تصمیم گیری کند؛ حال آن که با نواقصی که دیوان عالی کشور اعلام می کند چنین اختیار و مجالی از دادگاه بدوی سلب شده و همانند دادیاری که قرارهایش را به تایید دادستان می رساند باید طبق نظر دیوان عالی کشور مبادرت به صدور رای کند. در مواردی که درخواست دیوان عالی کشور غیر قانونی است دادگاه بدوی چه اقدامی باید انجام دهد؟ آیا لازم است بر خلاف علم و استدلال خود وفق نظر دیوان عمل کند یا این که می تواند وفق نظر خویش عمل کرده و نظر دیوان را با استدلال رد کند؟

مطابق تبصره ماده 469 و بند «الف» ماده 470 قانون آیین دادرسی کیفری مصوب 1392 در مواردی که دیوان عالی کشور رای را به علت نقص تحقیقات نقض می کند مکلف است تمام موارد نقص تحقیقات را به تفصیل ذکر کند؛ مرجع رسیدگی نیز پس از آن باید تحقیقات مورد نظر دیوان عالی کشور را انجام دهد و سپس مبادرت به صدور رای کند؛ بنابراین اگر مرجع رسیدگی در تحقیقات مورد نظر دیوان عالی کشور ابهامی بیابد به منظور رفع ابهام مراتب را از دیوان عالی کشور استعلام و بعد از انجام کامل تحقیقات خواسته شده به تشخیص خود رای مقتضی صادر می کند.