مستفاد از قسمت اخیر ماده 341  قانون آیین دادرسی کیفری مصوب 1392 و اصلاحات و الحاقات بعدی در مواردی که پرونده به طور مستقیم در دادگاه مطرح ­شود انجام تحقیقات مقدماتی توسط دادگاه باید طبق مقررات مربوط صورت گیرد بنابراین در جرائمی که مستقیما در دادگاه مطرح شود مقررات تعقیب حاکمیت داشته و توسط دادگاه قابل اعمال است و لذا با لحاظ اینکه مطابق ماده 79 قانون فوق­الذکر اصولا صدور قرار ترک تعقیب از اختیارات دادستان است در غیر مواردی که پرونده امر مستقیما در دادگاه مطرح می­گردد دادگاه نمی­تواند نسبت به اعمال مقررات مربوط به ماده قانونی یاد شده اقدام نماید و تنها در موارد طرح مستقیم پرونده در دادگاه اختیار صدور قرار ترک تعقیب را (در صورت وجود شرایط قانونی) تا پایان مرحله تحقیقات مقدماتی خواهد داشت.