ماده 3ـ وظایف و اختیارات سازمان با توجه به اهداف فوق به شرح زیر می باشد:

الف ـ اظهارنظر مشورتی در تهیه و تدوین لوایح طرحها تصویب نامه ها و آیین نامه های مرتبط با امور پزشکی .
ب ـ تنظیم دستورالعمل های تبلیغاتی و آگهی های داروئی و مواد خوراکی و آشامیدنی و آرایشی و بهداشتی و امور پزشکی و اعلام به مراجع ذی ربط.
تبصره ـ سازمان نظام پزشکی موظف است حداکثر ظرف مدت پانزده روز از تاریخ وصول استعلامیه نظر خود را به مراجع ذی ربط اعلام نماید.
ج ـ تدوین و تصویب مقررات و ضوابط خاص صنفی مربوط به استاندارد کردن تابلوها و سرنسخه های موسسات پزشکی و پزشکان شاغل حرف پزشکی و وابسته پزشکی.
د ـ اجرای برنامه های آموزش مداوم اعضاء موضوع این قانون در راستای قانون آموزش مداوم جامعه پزشکی با مجوز وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی.
هـ ـ صادر نمودن کارت عضویت برای اعضاء سازمان موضوع این قانون.
و ـ رسیدگی انتظامی به تخلفات صنفی و حرفه ای شاغلین حرف پزشکی که عنوان جرائم عمومی را نداشته باشند.
زـ اظهارنظر کـارشناسی در مـورد جـرائم پزشکی به عنوان مرجع رسمی
به دادگاهها و دادسراها.
ح ـ همکاری با مراجع ذی صلاح در جهت رسیدگی به تخلفات غیرصنفی و جرائم شاغلین به حرف پزشکی و وابسته به پزشکی و اظهارنظرهای کارشناسی مشورتی در این رابطه با مراجع ذی ربط.
ط ـ همکاری با مراجع ذی صلاح در جهت حفظ احترام و شوون پزشکی در جامعه.
ی ـ همکاری با مراجع ذی ربط در جهت گسترش فعالیت های علمی و تحقیقاتی و انتشارات پزشکی.
ک ـ اظهارنظر و مشارکت فعال به هنگام تعیین یا تجدیدنظر در تعرفه های خدمات بهداشتی و درمانی بخش دولتی و تعیین تعرفه ها در بخش غیردولتی براساس ضوابط بند(8) ماده (1) قانون بیمه همگانی خدمات درمانی کشور مصوب 3/8/1373 و همکاری با مراجع ذی صلاح در اجرای آن.
تبصره ـ درصد تعهد سازمانهای بیمه گر در قبال تعرفه های فوق توسط شورایعالی بیمه خدمات درمانی همه ساله تعیین خواهد شد.
ل ـ اظهارنظر و مشارکت فعال در تعیین و یا تجدیدنظر در میزان مالیات و عوارض مشاغل موسسات و شاغلان حرف پزشکی و همکاری با مراجع ذی صلاح در وصول آن.
م ـ مشارکت در تدوین آیین نامه ها و دستورالعمل های نظارتی درمورد مطب ها موسسات درمانی و بهداشتی و دیگر مراکز پاراکلینیک در بخش خصوصی.
ن ـ صدور پروانه اشتغال مطب های پزشکی و حرف وابسته و تمدید آنها و مشارکت در صدور پروانه موسسات پزشکی براساس مقررات و ضوابط وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی.
ق ـ عضویت در شوراهای گسترش و برنامه ریزی دانشگاهها و مشارکت در تعیین ظرفیت دانشگاههای دولتی و غیردولتی.
رـ همکاری در تدوین آیین نامه های ارزشیابی و مشارکت در اجرای آن برای مراکز درمانی و بیمارستانی.
ش ـ کمک به رفع مشکلات رفاهی و مالی شاغلان حرف پزشکی کم درآمد و خسارت دیده ازطریق صندوق تعاون و رفاه.
ت ـ همکاری با مراجع ذی ربط در ارائه خدمات امدادی بهداشتی و درمانی
به هنگام بروز حوادث و سوانح غیر مترقبه از طریق تشویق و بسیج اعضاء سازمان.
س ـ مشارکت فعال در تدوین برنامه های آموزشی گروه پزشکی.
ع ـ همکاری و مشارکت در جهت اشتغال فارغ التحصیلان گروه پزشکی.
ف ـ انجام کلیه مسوولیت ها وظایف و اختیاراتی که تاکنون در قوانین مختلف از سوی مجلس شورای اسلامی به سازمان نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران محول گردیده است.